Á heimleið, sjáumst að ári / Survey coming to an end, we will be back next year…

Þá er leiðangrinum að ljúka, allri sýnatöku lokið og við á heimstíminu. Í leiðangrinum sigldum við 6150 sjómílur, sem eru rúmlega 11 þúsund km, tókum 91 tog og veiddum 34 fiskategundir, merktum 250 grásleppur, söfnuðum 114 erfðasýnum, tókum 27 loðnulirfutog, söfnuðu um 300 sjósýnum og átusýnum.

The survey is coming to an end, all sampling is finished and we are sailing home. In the survey we sailed 6150 nautical miles, approximately 11 thousand km, collected 91 trawl stations and caught 34 different fish species, tagged 250 live lumpfish, collected 114 eDNA samples, 27 capelin larvae stations, and approximately 300 seawater and zooplanton samples.

Leiðangurslínur /the survey track

 

 

 

 

 

 

Það er stór hópur að fólki sem koma að undirbúningi leiðangursins og sem hefur tekið þátt í leiðangrinum. Við færum þeim kærar þakkir fyrir vel unnin störf. Margar hendur vinna létt verk. Með fylgja myndir af mörgum en ekki öllum þátttakendum.

A large group of people participated in preparing the survey and participated in the survey. We thank them for their valuable contribution to the survey. Below are pictures of many but not all participants.

Advertisements

Á vaktinni með Steina yfirvöðvafræðing og netamanni / On shift with Steini the body builder and deckhand

[in english also]

Áhöfn Árna Friðrikssonar er skipuð 17 úrvalsmönnum. Einn þeirra er Þorsteinn Harðarson, kallaður Steini. Hann gegnir tveimur mikilvægum störfum um borð: yfirvöðvafræðingur og netamaður eða háseti. Steini leyfði okkur að fylgja honum eina vakt til að kynnast lífinu um borð.

The crew of R/V Árni Friðriksson has 17 men. One of them Þorsteinn Hardarson, called Steini. He preforms two jobs, as being the body builder and a deckhand. Steini allowed us to join him during one shift to see what it is like to work on a research vessel.

Steini byrjar hverja vakt í ræktinni og er titillinn yfirvöðvafræðingur réttnefni. Eins og Steini segir: „að fara ræktina er kvörðun eða núllpunktur fyrir vaktina og þannig höldum við okkur glöðum og geðgóðum“. Svo vel vill til að Steini er lærður einkaþjálfari og vann sem slíkur í 3 ár áður hann lét gamlan sjómennskudraum rætast. Steini leiðbeinir skipsfélögum sínum í ræktinni af mikilli hörku enda er áhöfnin einstaklega hraustleg.

Steini begins every single shift with a workout, hence the title the body builder. Steini was a professional body building trainer before his his dream of working offshore became true. Steini uses his training background to keep the crew in excellent shape.

Steini byrjaði sem háseti á Árna sumarið 2016 eftir að hafa verið á skipum í Noregi og á Íslandi. Helsti munurinn á því að vera á rannsóknaskipi samanborðið við fiskiskip er hversu fjölbreytt vinnan er á rannsóknaskipum. Á Árna eru mismunandi verkefni allt árið um kring og í sumum leiðöngrum eru mörg mismunandi verkefni í gangi. Á fiskiskipi er þetta einfaldara: kasta, hífa og slægja fisk.

Steini began working on R/V Arni in the summer of 2016. Previously he worked on fishing boats in Iceland and Norway. According to Steini the major difference between working on a fishing boat and a research vessel is how diverse his workday is on R/V Arni. On a research vessel every survey is different and some surveys sample for many different projects. On a fishing boat, work is more repetitive, let the trawl go, haul-back and process the catch.

Á venjulegri vakt í sumaruppsjávarleiðangri gerir Steini við MIK-háfinn, merkir nokkur hrognkelsi, tekur sjósýni með sondunni, tekur eitt bananatog og endar vaktina á að þrífa stakkageymsluna með félögum sínum.

During a typical shift Steini operates the MIK-net, tags and releases live lumpfish, operates the CTD probe, lets the trawl in the water and hauls it back, and finishes by cleaning the changing room.

Að lokum þökkum við Steina fyrir spjallið og fyrir að vera einstaklega þolinmóð fyrirsæta.

We thank Steini for allowing us to join him for a shift and for being an exceptionally patient model.

Surtsey / Surtsey volcanic island

[in english below]

Draumur jarðfræðiáhugamanna og líffræðinga rættist í gær þegar við sigldum nálægt Surtsey. Eyjan myndaðist á árunum1963-1967, er friðlýst og hafa mannaferðir á eyjuna verið takmarkaðar við vísindarannsóknir alla tíð. Teymi að líffræðingurm heimsækja eyjuna árlega og rannsaka landnám plantna og dýra, sjá nánar: http://www.ni.is/greinar/surtsey. Surtsey hefur verið á lista Sameinuðuþjóðanna fyrir einstakar heimsminjar síðan 2008, sjá: https://whc.unesco.org/en/list/1267.

Yesterday our dream came true when we passed Surtsey island. Surtsey is a volcanic island that was formed by volcanic eruptions from 1963 to 1967 and is located approximately 30 km south of Reykjanes peninsula. The island is protected and access is limited to an annual visit of a team of scientists. The scientists are researching colonization of plants and animals. The island has been on the UNESCO world heritage list since 2008, see: https://whc.unesco.org/en/list/1267

Fyrir ári síðan vann áhöfnin björgunarafrek / A year ago we rescued 3 men from the sea

[in english below]

Í dag er ár síðan bjargaði áhöfnin á Árna Friðrikssyni 3 mönnum úr sjávarháska af skútunni Valiant suðaustur af Reykjaneshrygg.

Fyrir björgunarafrekið fékk skipstjórinn Ingvi Friðriksson viðurkenninguna “Certificate of Valor” og áhöfnin viðurkenninguna “Certificate of Merit” frá amerísku strandgæslunni. Viðurkenningarnar voru afhentar af S.D. Michal, næstráðanda bandarísku strandgæslunnar, við hátíðlega afhöfn í varðskipinu Þór, sjá nánar: https://www.hafogvatn.is/is/midlun/frettir-og-tilkynningar/vidurkenningar-veittar-vegna-skutubjorgunar.

Í þakklætisskyni gaf  Wesley skipstjóri skútunnar peningagjöf til Slysavarnaskóla sjómanna, sjá nánar FB síðu Slysavarnaskólans: https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=1522603881157490&id=887643671320184.

One year ago, the crew of R7V Arni Fridriksson rescued 3 men from a capsized yacht southwest of the Reykjanes ridge.

 In recognition of the rescue effort the captain Ingvi Fridriksson received “Certificate of Valor” and the crew “Certificate of Merit” from the USA coast guard. C.D. Michal, 2nd in command of the USA coast guard, presented the certificates at a ceremony onboard the Icelandic coast guard vessel Þor, see: https://www.hafogvatn.is/is/midlun/frettir-og-tilkynningar/vidurkenningar-veittar-vegna-skutubjorgunar.

In gratitude, the captain of the yacht Wesley Jones donated money to the  Maritime Safety and Survival Training Center, see the center FB page: https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=1522603881157490&id=887643671320184.

 

The Pelagic Ecosystem Survey

Um borð í rannsóknaskipinu Árna Friðrikssyni, kl: 09:53, 28.júlí, 2017. Staðsetning 63.48ºN og 22.29ºV (fyrir utan Grindavík).

Eins og þjóðin veit bjargaði áhöfn Árna Friðrikssonar þrem skipverjum af amerísku skútunni Valiant (40 feeta löng)  miðvikudaginn 26.júlí um klukkan 11:30 fyrir suðvestan íslensku landhelgina (um 61 29ºN og 30 17ºW). Sjá sjónvarpsklippu.

Mennirnir heita Wesley Derr Jones, Morrie Piersol og John Robert Forrest V og komu frá Virginia fylki í Bandaríkjunum.  Þeir voru á leiðinni frá Virginia til Reykjavík með viðkomu í Halifax og St. John´s í Kanada. Þeir eru vanir siglinum og hefur Wes nokkrum sinnum siglt milli Virginia og Evrópu á þessari skútu án nokkurra vandræða. Enginn þeirra meiddist þegar skútan fékk á sig brot en þeir voru orðnir kaldir og þrekaðir þegar við náðum þeim um borð. Vegna mikillar ölduhæðar var ekki hægt að flytja mennina úr Árna Friðrikssyni…

View original post 321 more words

Why we have a daily meeting…

It demands good communications to operate a research survey that collects samples for 19 research projects in six different labs, operates 24-hours a day and has a personal of 8 scientists and a crew of 17. The magic to make this run smoothly is a daily meeting. Every evening, after the news, we meet and discuss what we did the last 24-hours and organize the next 24-hours. The 19 research projects have different sampling schedule and the catch is never the same, hence, every station and every day is different.

In this blog, we will tell you a bit about our average day. We sample three to five standardized “banana” surface trawl stations per day and have done 49 stations in the survey so far.

In the fish lab, we measure and sample the trawl catch. For mackerel, herring, and blue whiting length, weight, sex and maturity is recorded. Otoliths are collected and aged onboard. Stomach samples are frozen and analysis ashore. Mackerel gonads are collected for scientists in Norway. All other trawl catch is sorted by species and specimen length measured.

Please, click on pictures for explanations.

We also trawl deeper in the water column (trawl depth ranging from 100 to 400m) to ground truth acoustic backscatter. It can be challenging to identify the many different species caught in the deep tows. Catch from the deep tows is frozen to be used in an international research project. All salmon is frozen and analysed ashore.

In the fish processing area, live lumpfish is placed in a tank to recover from being caught, tagged and released. We have tagged 196 lumpfish in the survey so far. One of them was recaptured July 22 and had travelled 271 km in 16 days.

On the floor above the fish lab is the zooplankton lab, phytoplankton lab and the CTD probe room. Zooplankton samples are collected at 50m and 200m depth, sorted by species and size, weighted and stored either formaldehyde or frozen. Samples from the MIK-net are also brought to the zooplankton lab where the fish larvae are sorted to species, counted and stored in ethanol. Ashore size and age, in days, of capelin larvae will be measured.

The CTD probe continuously measures temperature and salinity from the surface to 500m and collects water samples at the surface, 20m, 50, 200m, and 500m depth. In the phytoplankton lab, seawater samples are filtered to collect eDNA and to measure primary production. Nutrient seawater samples are frozen and analysis ashore. There is also a seawater intake in the phytoplankton lab that is used for continuous measurements of fluorescence.

In the acoustic room we have stacks of computers to work with. This is where the control room for the acoustic equipments, hence the name. The computers are connected to different equipmetns in various location on the vessel. Among other activities, we live view the acoustic data and analyse it, log survey process, check recordings from continuous sensors and from trawl sensors. Write this blog.

On the top is the bridge controlled by Heimir and his team. The bridge is the spot where you are most likely to spot a whale and that is where we keep our whale sightings logbook. On the top of bridge there is a sensor that continuously records strength of light.

Most important part of the operation is the clever, resourceful and 
fun crew of R/V Arni Fridriksson. Without their help we would not 
get anything done. More about them soon.




 

Save

Skráning hvala / Opportunistic recording of whale sightings

[in english below]

Skráning hvala er eitt af nokkrum nýjum verkefnum í leiðangrinum í ár. Skráing hvala er verkefni sem allir um borð taka þátt í og virkar þannig að þegar einhver sér hval er það skráð á þar til gert eyðublað. Fyrir hver hval sem sést er skráð tegund hvalsins, hvað hvalurinn var að gera (éta, synd, sofa), dagseting, tími dags og staðsetning.

Við erum búin að sjá 5 tegundir af hvölum alls 36 einstaklinga og 3 torfur af grindhvölum. Hvalategundirnar eru hnúfubakur (18 stk), langreyður (14 stk), einn háhyrningur, einn búrhvalur og tveir sem við gátum ekki greint til tegundar. Það er verður gaman að sjá hvort við komu auga á eins marga hvali og Acya og Roisin sáu í fyrra.

Vinsamlegast smellið á myndirnar til að sjá skýringar.

Opportunistic recording of whale sightings on another new project on the survey. All crew members participate in this project. When a whale is spotted we recorded the species, activity of the individual, date, time and location.

We have recorded five species, 36 individuals and three pods of pilot whales. The species are humpback whale (18 individuals), fin whale (14),  killer whale (1), and sperm whale (1). We could not identify two individuals to species. Hopefully we can spot as many whales as Acya and Roisin did last year.

Please, click on the pictures for explanations.

Hvalaskráningar hjá öllum skipum í þessum leiðangri sumarið 2017. Whale recordings by all five vessels in the 2017 survey. Figure from the IESSNS 2017 survey report.

Ný rannsóknaraðferð: umhverfiserfðaefni og fiskirannsóknir / Forensic science method used in fisheries research: environmental DNA

[in english below]

Við vitum öll hvernig erfðasýni af vettvangi glæps eru notuð til að sanna sekt þess sem glæpinn framdi. Allar lífverur losa sífellt húðfrumur og hár í umhverfið. Því er hægt að nota erfasýni til að rannsaka fleira en glæpi eins og útbreiðslu og magn lífvera. Fyrir um áratug var byrjað að mæla erfðaefni  í umhverfinu til að rannsaka úrbreiðslu lífvera í ferskvatni þegar Ficetola og samstarfsfólk síaði vatn úr tjörnum í Frakklandi til að mæla útbreiðslu froska (Ficetola et al., 2008). Fyrsta rannsóknin í sjó var birt 2012 þegar Thomsen og samstarfsmenn notuðu umhverfiserfðaefni til að greina 15 fiskitegundir og 4 fuglategundir á grunnsævi við Elisinore í Danmörku (Thomsen et al., 2012).

Síðan þá hefur verið hröð þróun í notun umhverfiserfðaefnis við rannsóknir á lífríkinu í sjónum. Umhverfiserfðaefni hefur meðal annars verið notað til að rannsaka árstíðarbundna göngur fiska í Hudsonánni í New York (Stoeckle et al., 2017), rannsaka tegundasamsetningu fiska á landgrunnsbrúninni suðvestur af Grænlandi (Thomsen et al., 2016), til að greina lífríkissamsetningu í þaraskógum í Monterey  flóa í Bandaríkjunum (Port et al., 2016) og til að meta stofnstærð hákarlastofna í suðvestur Kyrrahafi (Boussarie et al., 2018).

Við erum að safna umhverfiserfðaefni í fyrsta skipti í þessum leiðangri. Sýnum er safnað fyrir tilraunaverkefni þar sem greina á tegundasamsetningu uppsjávarlífríkis í hafinu umhverfis Ísland. Sýnum verður safnað á 26 stöðvum. Á hverri stöð er síaður 1 lítir af sjó af 5 mismunandi dýpum: yfirborð, 20m, 50m, 200m og 500m. Verkefninu er stjórnað af samstarfsmanni okkar á Hafrannsóknastofnum, Dr. Christophe Pampoulie. Við bíðum spennt eftir að sjá niðurstöðurnar.

Vinsamlegast smellið á myndir til að sjá skýringar.

DNA profiling is a fundamental forensic science method.The murder trial of O. J. Simpson in 1995 introduced DNA use to the public. A tiny fraction of DNA shed from a human as hair or skin cell links an individual to a crime scene. As all TV watchers know, DNA profiling contributes to solving majority of crimes in police shows, and in reality. It is less well known that DNA is being used to measure presence and abundance of organisms in the ocean.

All life in the ocean shed DNA into water in the form of cells or excretion. This is called environmental DNA (eDNA for short) and is extracted from the ocean by filtering seawater.  In the laboratory, eDNA barcoding identifies the DNA to species using cell material caught in the filter.

eDNA barcoding is a new research method in biological sciences. The first scientific paper using eDNA to measure animal presence in water was published in 2008 by Ficetola et al., and mapped distribution of frogs in ponds in France. Thomsen et al. (2012) was the first to apply eDNA to the ocean when he identified 15 fish species and 4 bird species in shallow waters of Elsinore, Denmark.

Since then use of eDNA barcoding has expanded to many branches of marine research, mostly focusing on management and conservation of marine fauna. Recent studies include tracking seasonal fish migrations in Hudson river in New York (Stoeckle et al. 2017), investigate polar and deepwater fish fauna on the continental slope southwest of Greenland (Thomsen et al., 2016), identifying marine fauna in a kelp forest in Monterey Bay, USA (Port et al., 2016), and estimate shark populations in South West Pacific (Boussarie et al., 2018).

eDNA is a non-invasive and relatively cheap research method compared to traditional trawl surveys on research vessels or scuba diving in shallow waters. It is specifically useful to research rare or endangered species as no individuals need to be caught. However, large amount of preparation DNA work is needed to make the DNA barcodes. The eDNA results also need to be ground truth by comparing them to results from traditional research methods such as trawl catches.

Collecting eDNA is one of the new projects on our survey this year. We will sample eDNA at 26 stations in waters all around Iceland. The sampling is for a pilot research project lead by our co-worker Dr. Christophe Pampoulie. This is first attempt to use eDNA barcoding to research marine faune in Icelandic waters. We are excited to see the results.

Please, click on pictures for explanations.

Ritskrá / References:
-Boussarie, G., Judith Bakker, J., Wangensteen, O.S., Mariani, S., Bonnin, L., Juhel, J.-B., Kiszka, J.J., Kulbicki, M., Manel, S., Robbins, W.D., Vigliola, L., and David Mouillot, D. 2018. Environmental DNA illuminates the dark diversity of sharks. Science Advances  02 May 2018: 4, eaap9661. DOI: 10.1126/sciadv.aap9661.
-Ficetola, G.F., Miaud, C., Pompanon, F. & Taberlet, P. (2008) Species detection using environmental DNA from water samples. Biology Letters, 4, 423–425.
-Port JA, O'Donnell JL, Romero-Maraccini OC, Leary PR, Litvin SY, Nickols KJ, et al. Assessing vertebrate biodiversity in a kelp forest ecosystem using environmental DNA. Mol Ecol. 2016;25: 527–541. pmid:26586544
-Stoeckle MY, Soboleva L, Charlop-Powers Z (2017) Aquatic environmental DNA detects seasonal fish abundance and habitat
preference in an urban estuary. PLoS ONE 12(4): e0175186. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0175186
-Thomsen PF, Kielgast J, Iversen LL, Møller PR, Rasmussen M, et al. (2012) Detection of a Diverse Marine Fish Fauna Using Environmental DNA from Seawater Samples. PLoS ONE 7(8): e41732. doi:10.1371/journal.pone.0041732
-Thomsen PF, Møller PR, Sigsgaard EE, Knudsen SW, Jørgensen OA, Willerslev E (2016) Environmental DNA from Seawater Samples Correlate with Trawl Catches of Subarctic, Deepwater Fishes. PLoS ONE 11(11): e0165252.doi:10.1371/ journal.pone.0165252